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【讨论】关于硅的粉末衍射数据的精修疑问??

X射线衍射仪(XRD)

  • 从icsd上查出的硅的cif文件,它的原子坐标为0 0 0,以此为晶体结构文件来做精修怎么精修不出来衍射峰啊,空间群是F d -3 m,有没有高手做过多晶硅的精修模拟??

    我把我cif文件和测试的原始数据发上来供大家交流,多谢各位高手指点
    http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=90381373ggemm0xp2r1u193

    数据是差了点,但精修的时候也不至于连峰对不上吧
    我发现我引用的Si的空间群为F d -3 m(227)而有的Si空间群为F -4 3 m(217),不知道到底用哪个?而且我在ICSD上查Silicon时都是227的空间群。
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  • daxu

    第1楼2010/05/13

    自己偶然发现大陆兄用原子坐标(1/8 1/8 1/8)空间群Fd-3m精修的数据,因此借鉴了他上传的gsas生成的cif文件,发现可以精修,但从findit上查到的Silicon的坐标为什么都是(0 0 0 )呢,而且用这个坐标不能精修。下面我把Si 用原子坐标(1/8 1/8 1/8)空间群Fd-3m的精修结果附图所示

    多谢高手讨论,谢谢

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  • xujun16

    第2楼2010/05/14

    您好!daxu老师!
    个人觉得,在开始精修前应确认,晶胞参数和空间群!
    因为,如果在精修是峰的对不上,唯一的原因,就是晶胞参数和空间群的问题。
    和原子位置无关!
    原子位置,影响的结果只是结构因子!并不是峰位!
    谢谢参考!有误之处,敬请指正!
    daxu老师,数据格式,打不开!能否转换成txt。

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  • 大陆

    第3楼2010/05/14

    我想daxu的问题在于原子坐标与对称操作不一致。
    在International Tables for Crystallography第一卷第227号空间群给出了(0,0,0)和(1/8,1/8,1/8)两种原点选择,但两种原点对应不同的对称,因为在你构造三维晶格的时候,(0,0,0)原点和(1/8,1/8,1/8)是等价位置不假,但坐标系确定的时候它们却处在不同的对称位置上。原点和对称操作相混的结果不会对衍射位置带来差别,但却对相对强度带来翻天覆地的变化。

    记住:
    1、cif原子坐标和对称操作应当自洽。
    2、在晶体结构数据库中有些cif是不自洽,需要手动予以修正。

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  • 大陆

    第4楼2010/05/14

    下面给出直观的图示解释:
    按照daxu同志的cif文件,构造出的硅三维晶格图像如下,显然这个图像是和实际不符的,
    这自然导致衍射峰强大大的变化。

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  • daxu

    第5楼2010/05/14

    大陆兄果然是高手,我昨天都郁闷了一天,始终搞不明白,想搞个Si标样做一下仪器的分辨率,所以先提前做做准备。多谢大陆了

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  • daxu

    第6楼2010/05/14

    多谢xujun,数据可以直接用记事本打开,选择打开方式为记事本就可以了。

    xujun16(xujun16) 发表:您好!daxu老师!
    个人觉得,在开始精修前应确认,晶胞参数和空间群!
    因为,如果在精修是峰的对不上,唯一的原因,就是晶胞参数和空间群的问题。
    和原子位置无关!
    原子位置,影响的结果只是结构因子!并不是峰位!
    谢谢参考!有误之处,敬请指正!
    daxu老师,数据格式,打不开!能否转换成txt。

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  • daxu

    第7楼2010/05/14

    我怎么觉得大陆画的图和我用同一个cif文件画的差别这么大呢?????

    大陆(handsomeland) 发表:下面给出直观的图示解释:
    按照daxu同志的cif文件,构造出的硅三维晶格图像如下,显然这个图像是和实际不符的,
    这自然导致衍射峰强大大的变化。

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  • 大陆

    第8楼2010/05/14

    daxu(daxu) 发表:我怎么觉得大陆画的图和我用同一个cif文件画的差别这么大呢?????

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  • 大陆

    第9楼2010/05/14

    应该想到,坐标原点选取发生变化的时候,空间群会有细微的差别。
    在谈特定空间群的时候需要指定相应的坐标原点,这是常识,否则有可能引来误解的。


    xujun16(xujun16) 发表:您好!daxu老师!
    个人觉得,在开始精修前应确认,晶胞参数和空间群!
    因为,如果在精修是峰的对不上,唯一的原因,就是晶胞参数和空间群的问题。
    和原子位置无关!
    原子位置,影响的结果只是结构因子!并不是峰位!
    谢谢参考!有误之处,敬请指正!
    daxu老师,数据格式,打不开!能否转换成txt。

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  • daxu

    第10楼2010/05/14

    大陆(handsomeland) 发表:应该想到,坐标原点选取发生变化的时候,空间群会有细微的差别。
    在谈特定空间群的时候需要指定相应的坐标原点,这是常识,否则有可能引来误解的。


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