样品溶解好就要做液相及质谱检测。检测时要分析清楚序列特点，含Trp的样品测前加少许酸（TFA、乙酸，0.1%-1%），再用吹风机对吹2-5min，瓶身发烫为止，Trp会结合不稳定的羧基，含不含该羧基的会各自形成一个峰，所以务必要处理；含至少两个连续的Pro，多个连续Ser的要把柱温箱加热到50度再测，这样的基团在常温下检测会形成假的肩峰，加热可避免；对于整条肽链都是两三个基团重复构成的有可能在C18柱上出峰很小，这时可以考虑用CN柱；对于那些用碱性溶剂溶解的样品尽量用CN柱在4g/L的醋酸铵流动相里测。至于检测时梯度的设定很大程度受经验的影响，不过做久了会发现其中的规律，拿250mm、5um的C18柱举例，A：0.1%(V/V)TFA in H2O，B：0.1%TFA in 80%(V/V)ACN，以下涉及流动相比例未强调的均是体积比。十个氨基酸左右长度的肽，亲疏水总和接近0时就用10-70%B in 20min，如果亲水的总值是疏水总值的两倍，酌情考虑用0-60%B或者5-65%B；如果亲水的总值是疏水总值的1/2，考虑用20-80%B,据此演推。如果氨基酸链长达到二十多个，前面三种情况就要分别改为梯度20-80、10-70、30-90，不过很多时候要注意里面对亲疏水性影响很大的几种氨基酸的比例，如三种碱性两种酸性和酰胺以及亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸，往往对溶解产生直接影响的是这些氨基酸。所以这些氨基酸的比例要格外留意。一般出峰时间控制在7-15分钟认为有分离效果。 一个合适检测条件直接关系到接下来多肽纯化条件的设定以及该肽特性的判断。
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