流动相跑空后没人在会怎么样。

毫无疑问会进气泡的

不一定，有的液相设计很好，如果没有液相了，泵自动就停了，比如Agilent等！不过如果没有这个功能的话，泵跟柱子里边的起泡恐怕不少

自动停机，尽量加足流动相，要过夜，把流量调到尽可能的小

液相泵只能输送液体，不能输送空气，所以打空后不可能将大量空气输送到柱和液路中的。
但是，如果泵不停的话，泵头的密封圈就会因干磨而受损了。

泵内会充满气体

会进空气的

当然会进,所有管路都会有

如果你的泵有低压保护，也就是说压力低于一定数值（根据实际情况自行设定的最低压力数值）时，泵就能自动停止运行。
当流动相抽空后，泵里充满空气，泵就不能产生高压，压力低于设定值，泵自动停止运行。这样就保护了泵。
我的仪器设定的最低压力是1.0MPa。

是的，不一定使用Agilent仪器才可以保护柱子，很多色谱仪器都有低压保护功能，不过我感觉1.0MPa还是太低了，在正相和反相情况下尽量选择最为接近的低压，比如针对不同的柱长，选择纯的有机相的压力再稍微下降点。