AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用(3)–部分常见问题讨论小汇集

应助达人

11 能否把（比如drug）库里面的标准图谱提出来放到我的自建库里面？如果可以如何操作啊？还是说自建库必须一个一个标准样都要往GC/MS进一针才可以？

在Libary菜单下的Library Transfer，选择好目标库和原始库（drug), 然后进行有关操作。自建库必须一个一个标准样都要往GC/MS进一针才可以建库，但你一次可以配多种混合标样进样，每次不用单个标样。

12 我是做香精这块的检测。我在用amdis时，会有好多峰不会被分析出来？分析出来的峰好多都是有好几个匹配度高的，我该怎么选择还是说明里面包含这几种物质？当我想分析单独的一个峰时该怎么做，必须是整个的tic做amdis吗？

只要Amdis的参数设置合理，谱库全，一般香料应该是捡到的。要仔细观察对比，最好用保留指数校正，就可以很好的确定了。用时候一个峰里确实含几种成分。等run后，直接点到这个峰或只看这个保留时间。

13 Amdis可以用来定量，出报告吗？

可以定量，有峰面积和相对含量，有报告。用Amdis结果中峰面积（area%）或含量（amount%）来帮助定量。

14 检索出来不好的时候怎么删除这些啊？要不打印出来的好多

不要在Report all hits上打钩，就只会打印出第一个检索的化合物。但有时候第一个并不是合适的，这是需要记下来，然后再报告里修改。

当然你有保留指数库的话，可以在RI window设置限定，就可以过滤其它不是目标物的化合物了。

生成结果报告在File菜单下面Generate Report，一般不要选择Report all hits,会打印很长的报告。按Generate打印报告

15 当出现几个匹配度的时候，该怎么删除那些匹配度不好的啊，就是您说的设置门槛，具体怎么操作啊？


在Analysis菜单下的settings中的Minimum Match Factor设置不同的匹配度（缺省值是60），这个门槛也可以过滤部分品牌差的检索到的化合物。
16 我用amdis一个峰检测出来是pentanoic acid和heptanoic acid。可是在AMDIS上看峰是很纯的，我相似度设置在80%。但是我自己用nist库检索时是hexanoic acid。这个时候是不是amdis的问题呢？amdis判断是不是也会错啊？还是我设置有问题呢？

还有一道关，就是保留指数校正，如果用保留指数校正（RI Window窗口限定），就可以确定真正是哪个了。

17岛津数据如何打开?

下面说明一下在AMDIS中打开岛津数据文件的方法：AMDIS所列岛津数据文件（*.R##）为早期QP5000系列用CLASS5K工作站的数据格式，GCMSSolution下的数据格式为qgd文件，需要在Postrun下打开数据文件，保存成cdf文件，这时在AMDIS下打开cdf文件时可能会出现下面的错误提示：大意是说需要由管理员关闭Fast User Switching。这时只需要用管理员进入windows,在控制面板----用户帐户----更换用户登录或注消的方式----去掉“使用快速用户切换”前面的钩。就可以正常打开qgd文件了。

18 请问NIST里面有那些库NISTFF NISTTOX NISTFDA 等都各代表什么？

NISTFF 香料香精库
NISTTOX 有害物库
NISTFDA 美国FDA一些相关物质的库

如果购买过NIST05质谱软件谱库，里面带有部分环境，有害物，毒品，香精香料，化学武器等化合物的AMDIS库。
NISTEPA.MSL（环境谱库）

19 害物，毒品，香精香料，化学武器怎么看出是缩写？
NISTCW.MSL 化学武器
NISTDRUG.MSL 药物加拿大AAFS毒物
NISTFDA.MSL 食品 FDA（美国食品与药品管理局）所列
NISTFF.MSL 香精和香料
NISTTOX.MSL Finnigan毒物

20 请问一下在AMDIS中怎么样滤噪、平滑和基线校正？处理好的质谱能输出NetCDF格式吗？

可以利用threshold, compounent width,omit M/Z等过滤化合物，但平滑校正不知道有没有。CDF格式输出没看到。

应助达人

21 请问一下AMDIS能像安捷伦的Enhanced data analysis 自动积分吗？还有怎么操作背景扣除和信噪比设定？

Amdis可以自动积分，自动解卷积就相当于背景扣去，可以设置灵敏度等来过滤噪音。

22 谱库可不可以拷贝来用呢？

谱库是可以拷贝来用的，或者说你自建的谱库，我就可以用，不用再建谱库。或者用商业的谱库。

23 请问是每种型号的气质都能安装的吗？

Amdis可以在有windows的电脑上安装，并独立运行，不需要如何工作站或MS数据处理软件为基础或平台。它可以与许多商业GC-MS 系统产生的数据文件形式兼容。

24 保留指数校正文件必须在自己的仪器上运行系列烷烃标样吗？
可不可以将别人运行好的文件直接拿来用呢？

要分析的样品要和其要用的保留指数的测定（用的系列烷烃标样）要在同一分析条件或参数下进行。才能达到校正的目的。如果别人的色谱条件完全和您的一样，那么运行好的文件直接拿来用。

25 在哪里查看记事本检查alkanes保留指数校正文件？还有下面的，如果打开一个数据文件，会提示对话框，那么前面打开的正构烷烃的文件将会失去呀？

可以在C:/NIST05或NIST08/amdis32/的下面alkanes.cal.

一个较笨的办法是，你可以先把上次的文件先重命名。在用的时候，再改过来。

27 在分析设置中的identification tab 中的level怎么理解？

这里可能比较难理解。 Matchfactor penalty（Levelfactor）与RI的限定或过滤有关。weak, average, strong，very Strong，infinite是根据定义的一组数值而定的。对RIpenalty值（也与RIwindowcount，RImeasured,RIlibrary及RIwindow值）有影响。

28 AMDIS中得到组分的峰面积和ChemStation中的有什么区别呢？

Amdis也是和ChemStation一样的积分，但两者的积分计数方式有所不同，所以两者的积分结果的数值是不一样或不等，但比例是接近的，例如A和B两个组分在Amdis上面的比值是3.01:5.24，在ChemStation上面可能是2.99:5.23。建议参考amdis的比值来计算未分离峰之间的比例。Amdis的积分以TIC积分为主，在未分开的峰的积分是解卷积后的主要离子积分来积分（和单独的TIC值接近）。

29 在AMDIS的菜单栏“Analyze”下的“analysis setting”中的“identif.”选项卡中的“only reverse search”一般是不是打钩选上对分析比较好？

缺省值是不打√。建议一般不打√，如果开启，有可能和minimum match factor会冲突。如果打√，则amdis将使用反向检索值作为标准来决定是否选择保留这个目标识别结果。

30 在“analysis setting”中的“deconv.”选项卡中的“omit m/z”是否要勾选，如果勾选，是不是填入柱流失的特征离子，如149、207、355等？

缺省值也是不打√。也是建议一般不打√。如果选择某一离子，则这个离子将在去卷积化时会忽略此离子来绘色谱图。一般对于柱流失的特征离子，amdis会自动以解卷积方式处理。

应助达人

31 NIST数据库是否可以导入数据到AMDIS自建库？

应助达人

AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件（待续）

支持朱老师进一步完成有关AMDIS的介绍 有个老问题了，还是那个AMDIS使用时比如 乙芳和乙酸苯乙酯共流出时，峰上各有几个点是乙芳和乙酸苯乙酯，这时的点要不要采取相加 怎么选择哪些点是需要相加呢

应助达人

请问你还记得是哪个样品吗？数据文件编号是什么？让我重新看看。

我回头找找 传上来，这个情况经常遇到 有一定代表性

请问目前最新Amdis版本是多少？

应助达人

可能是2.76吧，需要查一下。