温度参数:
1、变性:模板变性完全与否是PCR成功的关键,一般先于94℃(或95℃)变性3~10min,接着94℃变性30~60s。
2、退火:退火温度一般低于引物本身变性温度5℃。引物长度在15~25bp可通过公Tm=(G+C)×4℃+(A+T)×2℃计算退火温度,一般退火温度在40~60℃之间,时间为30~45s。如果(G+C)低于50%,退火温度应低于55℃。在退火温度范围内,相对较高的退火温度能够提高反应的特异性。
3、延伸:延伸温度应在Taq酶的最适温度范围之内,一般在70~75℃。延伸时间要根据DNA聚合酶的延伸速度和目的扩增片段的长度确定,通常对于1kb以内的片段1min是够用的。
循环数:
PCR的循环数主要由模板DNA的量决定,一般20~30次循环数较合适,过多的循环数会增加非特异扩增产物,具体要多少循环数可通过预试验确定。
PCR产物积累规律:
反应初期产物以2n呈指数形式增加,至一定的循环数后,引物、模板、DNA聚合酶形成一种平衡,产物进入一个缓慢增长时期(“停滞效应”),即“平台期”。到达平台期所需PCR循环数与模板量、PCR扩增效率、聚合酶种类、非特异产物竟争有关。