荧光定量PCR的荧光标记主要有特异性和非特异性两类。非特异性荧光标记主要包括:SYBR Green I,SuperGreen;特异性荧光标记主要包括:水解探针(TaqMan探针)、杂交探针(hybridization probe)、分子信标。
SYBR Green ,对DNA模板没有选择性,适用于任何DNA使用方便、灵敏、便宜,不必设计复杂探针,但容易与非特异性双链DNA结合,产生假阳性,对引物特异性要求较高。
TaqMan探针法,对目标序列的高特异性设计不同标记的探针,可进行多重检测,结果的重复性较好,但只适合一个特定的目标,价格相对较高,探针的设计较为繁琐。