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OpenChrom软件使用介绍3_文件检索

symmacros

2023/09/25
Chromcycle

气质联用（GCMS）

OpenChrom软件使用介绍3_文件检索

上次说过OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如Windows，macOS，Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法，核对质谱结果。本篇介绍谱库文件检索。

1. 谱库文件检索设置

要使用文件检索功能，需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference，进入个性化设置。

路径：

Chromatography/Spectrometry----Identifier>Identifier (MSD)>File Identifier打开File Identifier。

图1 打开文件检索设置

2. 添加检索的谱库文件

点击右上角的Add DB(file)。

图2 添加谱库检索文件

可以用于文件检索的库谱格式有NIST检索谱库的NIST MS(*.db)，岛津谱库（*.spc），NIST Text(***.msp)，Amdis谱库（***.msl）等13种格式。请参考图2的文件格式选择。

在相应的文件夹找到需要添加的谱库文件。例如NISTFF.MSL，点击open，这样就检索文件添加到系统。

图3 添加谱库检索文件

例如添加岛津的***.SPC，在岛津谱库文件夹找到NIST*.SPC，Open。同理，或者添加NIST检索谱库NIST.db。

图4 添加岛津谱库和NIST谱库

对最低匹配度，阈值，检索结果个数（例如3），正向和反向匹配度等进行设置。Apply and Close。

3. GCMS数据检索

流程如下：

调用GCMS数据文件，参见前面第一篇文章。

峰检出，在色谱上面右键点击，Peak Detector>First Derivative。

峰积分，在色谱图上面右键点击，选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。参见前面第一篇文章。

峰鉴定，在色谱图上面右键点击，选Peak Identifier>Library File（MS）。

图5 谱库文件检索1

图6 谱库文件检索2

点击Finish，

图6 谱库文件检索运行

检索运行完毕，就可以看到在峰顶已经有化合物名称标记了，在可以在左上角看到peak/scan list看到鉴定的化合物名称了，在左下角的target看到检索到化合物的信息。

图7 文件检索检索结果

第三部分完。

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