OpenChrom软件使用介绍4-保留指数计算和对比
上次说过OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如Windows，macOS，Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法，核对质谱结果，谱库文件检索。https://bbs.instrument.com.cn/topic/8254675
本篇介绍保留指数文件创建和计算，以及保留指数对比。
1. 创建保留指数校正文件
在Processors菜单下面的Create Retention Index File。
图1 创建保留指数校正文件
但这种创建保留指数校正文件需要许多步骤，需要Calibration Settings，Open Chromatogram (MSD) Files，Peak Selection，Peak Assignment，需要校验正构烷烃化合物等，比较麻烦繁琐。本篇介绍一张非常简单的创建保留指数校正文件方法。
保留指数校正文件的格式为XXX.cal。里面内容如下例子：
图2 保留指数校正文件
可以按照图2的格式来建立一个写字板模板。可以增加或删去的正构烷碳数数据。另存为XXX.CAL文件。注意存文件时候，文件类型请选择“所有文件类型”，不可以选择“文本类型”。其实这个保留指数校正文件格式和Amdis的保留指数校正文件格式一样的，如果您有Amdis的RI校正文件，也可以直接使用。当然也可以使用Amdis 的RI校正文件的建立方法来建立保留指数校正文件。
图3 保存保留指数校正文件
2 保留指数校正文件设置
要使用保留指数校正功能，需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference，进入个性化设置。
路径：
Chromatography/Spectrometry----Calculators>Retention Index>Calculator，点击，打开Calculator。点击右上角的Add
图4 保留指数校正设置
找到需要添加的保留指数校正文件，Open，添加即可。
图5 添加保留指数校正
点击Apply and Close。这样就添加了保留指数校正文件。
图6 添加保留指数校正文件
3. 数据文件计算保留指数
流程如下：
调用GCMS数据文件，参见前面第一篇文章。
峰检出，在色谱上面右键点击，Peak Detector>First Derivative。
峰积分，在色谱图上面右键点击，选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。
峰鉴定，在色谱图上面右键点击，选Peak Identifier> NIST(extern)或Library File（MS）。
参见前面第一或第三篇文章。
保留指数计算：在色谱图上面右键点击，选Chromatogram Calculator，选择Retention Index Calculator (Scan and Peaks)
图7 保留指数校正计算
这样在左上角的Peak/Scan List里面就有已经计算的RI值了，例如保留时间为10.256min的峰的RI为1049。
图8 保留指数校正计算结果
4. 化合物保留指数校对
在左下角的targets里面可以看到前面选中的化合物谱库里面的保留指数为1036，这个极性WAX柱子，可以认为此化合物的保留指数符合要求，正反质谱匹配度为94.9，可以确认这个检索结果。
图9 保留指数校正计算结果和谱库保留指数对比
5. 关于检索结果里面的化合物保留指数使用柱子极性的选择
对于NIST Search检索，在Options菜单选择Library Search Options。
图10 NIST Search结果的柱子极性选择
图11 NIST Search结果的柱子极性选择
在RI（GC）下面打勾，根据实际使用的柱子，选择柱子极性，非极性（例如DB-1），弱极性（例如DB-5）或极性（例如DB-Wax）。
图11 NIST Search结果的柱子极性选择
这样才能在检索结果里面看到检索到的化合物的谱库保留指数了，就可以用于结果对比。
6 其它
可以在文件检索下面的penalty calculation选择Retention Index。
图12 文件检索使用RI校验
第四部分完。
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