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第3楼2024/05/20
请教一下各位大神,想确认一下在orbitrap DDA采集模式下,不管是用normolized还是stepped方法,设置多个CE能量打二级,但最终只能得到一个混合的二级谱是吗,-------------------------------------------DDA下得到的二级图不是混合的,是你设置的三个CE,从低到高,那个能敲碎就该
能级下的碎片,几个不同CE并不会都去打,你看二级的时候是能看到碎裂对应的CE的,少数的M/Z是会打两次。
不能得到不同能量下的单一谱图?------------------------------------------------------------------------如果想得到某一能级下碎裂碎片建议不要使用NCE,用CE模式直接设置单个CE值就可以。
另外就是,如果orbit中得到是不同能量下的混合二级谱图,也许他的碎片信息会更丰富,但各个碎片之间的丰度比应该是失真了吧,如何用于搜库呢?这个碎片的丰度比在搜库的的打分算法中是否占的权重就不太合理,如果我打的混合谱图的能量和库里的能量并不完全一样的情况下,是否会影响最后的匹配分数。在mzvault中orbitrap是否能像tof一样,可以使用不同能量的单一谱图去表征一个化合物?------------------------------------------赛默飞的液质好像对碎片丰度比这个东西不是很重视,他的四级杆好像也没有丰度这个说法(个人感觉这玩意还是很重要的,特别是在做植物样本的时候),,我也觉得不是很合理;但是对于高分辨自建库来说,其实只要特征碎片有就行了,99%匹配出来的数据都是没时间反过来再去核对丰度这些细节的东西