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AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用 (8)—数据处理一些问题交流(1)

气质联用(GCMS)

  • ( 本文只是一种探讨交流,可能有不足不妥之处,欢迎批评指正。未经同意,请勿转载。多谢合作!)
    AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件在GC/MS数据处理的初步应用
    (8)—数据处理一些问题交流(1)
    先回顾一下AMDIS的基本概念
    对于AMDIS有的网友可能比较熟悉,特别是农残,环境,有害物,香精香料等领域的朋友可能属于高级使用者。本人以初学者的身份初步介绍一下AMDIS。如有不妥,请批评指正。未经许可,不得转载,请谅解。
    一般来说,目标化合物的分析要求检测目标离子和确认离子的比例。然而,对于高基体
    背景的样品,大峰后面的痕量组分或流出时间很接近的成分,离子比例会受到基体的影响很难符合要求。为了确保分析结果可靠,一般采用背景扣除及手动积分。因此,对于复杂基体的样品数据处理,需要耗费大量的时间。为了提高分析效率,谱图可以利用一种称为“解卷积”的数学计算来将目标化合物从背景中分离出来。美国国家标准和技术院(NIST)开发了功能强大的解卷积软件,即自动质谱解卷积和鉴定系统(AMDIS)。
    下面简单介绍一下AMDIS:
    AMDIS
    软件由美国国家标准技术研究院(NIST)(National Institute ofStandards and Technology)提供。
    The Automatic Mass Spectral Deconvolutionand Identification System (AMDIS)
    自动质谱图解卷积和鉴定系统软件(AMDIS)让您从GC/MS数据文件自动找到目标化合物。软件先对GC/MS数据文件解卷积寻找所有分离组分。每一组分与目标化合物的谱库进行对比。如果以上的用户设定值,然后报告出目标图谱和解卷了组分的图谱的匹配因子。
    什么是解卷积(Deconvolution)?
    NIST AMDIS的定义:“这里所用的术语在广义上是指从一个复杂的混合物中提取信号。 解卷积的过程包括处理噪音、校正漂移、从紧密相邻的共洗脱峰中提取出单个峰等。” (简单讲就是去复杂化)
    用下面的简图可以解释解卷积过程:
    在GC/MS 中,Deconvolution是一种数学技术,它可以将重叠的质谱图“分开”成为“清晰”的单个组分的谱图。图1 是这个过程的简单示意图。这里分别是总离子流色谱图(TIC)和质谱图。与常见的情况一样,这个色谱峰包含了多个重叠在一起的组分,而最高点质谱图实际上也是这些组分的组合图。质谱谱库检索只可能给出一个较差的匹配,而且不能识别所有构成这种组合谱图的单个化合物组分。

    图1 解卷积过程的简单示意图
    ****************************************
    其它相关内容请参考我以前的帖子。
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  • symmacros

    第1楼2017/01/31

    应助达人

    (8)—数据处理一些问题交流(1)
    1. 一个峰出现目标物多次被认出的情况

    图2
    ***********************************************
    从上面的图可以看出,3.86min的峰检索出现两次。3.8628min的检索的原始purity纯度仅为66%,而解卷后的乙醇的Net=100%, weighted=99,simple=99, reverse=99。只是因为TIC受到m/z31,32离子的干扰而造成原始纯度仅为66%,而通过解卷积后的纯度大大提高,几乎100%。
    在3.8628min这个地方被检索出30个结果(如图3),有乳酸,甲酸乙酯等30个化合物。但匹配度都不高,有两个??,这种情况就不用考虑,直接删掉。

    图3
    **************************************************************************************
    在看3.8679min这个位置也出现了检索结果,检索的原始purity纯度仅为61%,而解卷后的乙醇的Net=100%, weighted=99, simple=99, reverse=99,原因同上。
    也同时出现30个检索结果,情况和上面的一样,匹配度都很低,两个??,不用考虑了。
    定量时候把两个含量加在一起即可。
    其实一个峰被认出多个成分或一个位置同一化合物出现几次的情况在amdis的结果中很普遍,需要仔细核对甄别一下就能分辨出来的。

    图4
    ******************************************************************************************************************
    上面图4的22.9min出现了5个结果;
    22.9034min nonanol等385个结果 只能确认第一个化合物,其它的匹配度太低
    22.9034min 4-propyl-Thiazol等4个结果 匹配度太低,舍去
    22.9114min 4-propyl-Thiazol等4个结果 匹配度太低,舍去
    22.9114min nonanol等384个结果 只能确认第一个化合物,其它的匹配度太低
    22.9158min nonanol等384个结果 只能确认第一个化合物,其它的匹配度太低
    最后结果是22.9min只是一个化合物。

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  • symmacros

    第3楼2017/01/31

    应助达人

    ( 本文只是一种探讨交流,可能有不足不妥之处,欢迎批评指正。未经同意,请勿转载。多谢合作!)

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  • sallysally

    第4楼2017/01/31

    一个峰出现多个结果就比较烦了。

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  • symmacros

    第5楼2017/01/31

    应助达人

    这个好像难以避免,需要看一下。

    sallysally(sallysally) 发表:一个峰出现多个结果就比较烦了。

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  • sallysally

    第6楼2017/02/01

    如果一个峰出现的结果次数太多就是个问题,烦。

    symmacros(jimzhu)发表: 这个好像难以避免,需要看一下。

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  • tulipylm0499

    第7楼2017/02/01

    如果图4中 相同的时间 best hit
    不同 化合物
    都match 很好呢

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  • symmacros

    第8楼2017/02/01

    应助达人

    如果match都很好,保留时间(或保留指数)一致,就是了。但两种成分的保留时间一般会稍微差一点的。

    tulipylm0499(tulipylm0499) 发表:如果图4中 相同的时间 best hit
    不同 化合物
    都match 很好呢

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  • tulipylm0499

    第9楼2017/02/01

    图4有2个match还好 我遇到了同一个时间 同时显示T和component 库小 怎么办 没办法比较ri呀

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  • symmacros

    第10楼2017/02/01

    应助达人

    有时候可以改变amdis的参数来减少出现的次数。

    sallysally(sallysally) 发表:如果一个峰出现的结果次数太多就是个问题,烦。

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  • symmacros

    第11楼2017/02/03

    应助达人

    你把灵敏度或分辨率等参数调整一下,找到合适的参数。我们是选RI值合理的。

    tulipylm0499(tulipylm0499) 发表:图4有2个match还好 我遇到了同一个时间 同时显示T和component 库小 怎么办 没办法比较ri呀

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