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代谢组学数据库使用求助

  • Ins_25b7dced
    2021/07/01
  • 私聊

食品常规理化分析

  • 查询代谢物分类信息时,HMDB数据库有信息为Direct Parent,请问这是指代化合物的前体物质吗?

    另外classyfire查询信息的时候比HMDB多了level 5与level 6 ,看似分类比HMDB更精细,但是下方也有信息显示Direct Parent,且该信息与level 6 一致,这让我弄不清level 6的信息到底代表最精细的分类还是前体物质了,请问是哪一种呢?
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  • 小卡

    第1楼2024/09/25

    在 HMDB 数据库里那个 “Direct Parent” 呀,看起来确实有点像是在指化合物的前体物质呢。至于 classyfire 查询信息的时候,多出来的 level 5 和 level 6 ,如果下面显示的 “Direct Parent” 和 level 6 一致,这确实让人有点纠结它到底代表最精细的分类还是前体物质。不过呢,我觉得可以这么想哈,如果这个 level 6 的信息跟前面更精细的分类有逻辑上的延续性,而且和其他分类层级的关系也比较清晰,那它更可能是代表更精细的分类哦。要是这个信息突然冒出来,和其他层级没啥明显的逻辑关系,那就有可能是前体物质呢。但这也只是个大概的猜测啦,具体还得再仔细研究研究这两个数据库的说明和实际使用情况呢。

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